Rok 2004 - 2006
V úspěšné sezóně 2003/2004 vybojovali Hanáci postup ze III.ligy do druhé nejvyšší soutěže. Pro celý region to byla velká událost, vždyť II.liga se tu nikdy nehrála. Dlužno podotknout, že tento úspěch nepřišel jen tak náhodou a nečekaně. Vyvrcholila tak systematická snaha vedení klubu a dalších subjektů. Především stadion na Obvodové ulici, který dlouhá léta připomínal železobetonovou ohyzdnost, změnil v tomto období svou tvář. Přibyla střecha a nových prostor se dočkali i mládežnické oddíly. Nově tak utvořená hlavní tribuna byla osázena plastovými sedačkami a ochoz za brankou byl osazen sedačkami kovovými.
Vše samozřejmě je vyvedeno v klubových barvách. Se vstupem do II.ligy zde vznikl i samostatný sektor pro hostující fanoušky se vstupem z Kotojedské ulice. II. liga začala pro Hanáky na hřišti pozdějšího vítěze a postupujícího do I. ligy - FK Siad Most - nešťastnou prohrou 4:3. Hanáci se ale statečně bili celou podzimní sezónu a počínali si poměrně úspěšně. Kádr tvořili hráči, kteří vybojovali postup z MSFL: např. Ryška, Paciorek, Zakopal, Zlámal, Stojaník, Julina a další, ze Zlína přišel Michal Nehoda.
V zimě místo odvolaného trenéra Skácela přišel Roman Pivarník a s ním další hráči - Šebek, Šmahaj, Bosák, Drga, Čep. Jaro 2005 Hanákům ale nevyšlo a nakonec ze všeho bylo jen 13.místo. Symbolicky v posledním kole asistovala Hanácká Slavia při vítězné euforii druhému postupujícímu do I.ligy - týmu FC Vysočina Jihlava.
| 1 | HFK Olomouc | 24 | 14 | 8 | 2 | 43:18 | 50 |
| 2 | Frýdek-Místek | 24 | 13 | 6 | 5 | 45:24 | 45 |
| 3 | Olomouc | 24 | 13 | 5 | 6 | 45:32 | 44 |
| 4 | Břeclav | 24 | 11 | 7 | 6 | 34:23 | 40 |
| 5 | Slovácko | 24 | 10 | 7 | 7 | 43:36 | 37 |
| 6 | Hlučín | 24 | 10 | 5 | 9 | 43:33 | 35 |
| 7 | Uničov | 24 | 10 | 5 | 9 | 34:33 | 35 |
| 8 | Zábřeh | 24 | 9 | 7 | 8 | 40:40 | 34 |
| 9 | Brno | 24 | 9 | 6 | 9 | 32:34 | 33 |
| 10 | Jihlava | 24 | 7 | 8 | 9 | 33:36 | 29 |
| 11 | Hulín | 24 | 8 | 5 | 11 | 34:50 | 29 |
| 12 | Zlín | 24 | 8 | 4 | 12 | 40:37 | 28 |
| 13 | Ostrava | 24 | 6 | 8 | 10 | 24:37 | 26 |
| 14 | HS Kroměříž | 24 | 7 | 3 | 14 | 33:46 | 24 |
| 15 | Rosice | 24 | 6 | 4 | 14 | 30:50 | 22 |
| 16 | Líšeň | 24 | 4 | 6 | 14 | 28:52 | 18 |
